University of Oulu

Laajan lajinsisäisen DNA-viivakoodimuuntelun esiintyvyys ja syyt perhosilla

Saved in:
Author: Autto, Jonna1
Organizations: 1University of Oulu, Faculty of Science, Biology
Format: ebook
Version: published version
Access: open
Online Access: PDF Full Text (PDF, )
Persistent link: http://urn.fi/URN:NBN:fi:oulu-201805312180
Language: Finnish
Published: Oulu : J. Autto, 2018
Publish Date: 2018-06-01
Thesis type: Master's thesis
Tutor: Mutanen, Marko
Reviewer: Aspi, Jouni
Ahonen, Saija
Description:
DNA-viivakoodit ovat lyhyitä standardeja DNA-sekvenssejä, joiden avulla lajit voidaan tunnistaa ja joita voidaan käyttää apuna lajinrajaamisessa. Menetelmän kyky tunnistaa ja erotella lajeja perustuu siihen, että yleensä DNA-viivakoodin lajinsisäinen muuntelu on lajienväliseen muunteluun verrattuna selvästi pienempää. Aikaisempien tutkimusten yhteydessä on kuitenkin löydetty lajeja, joiden DNA-viivakoodissa ilmenee laajaa lajinsisäistä muuntelua. Tällainen laaja lajinsisäinen DNA-viivakoodimuuntelu määritellään ilman välimuotoja havaittavaksi, yli 2 %:n lajinsisäiseksi polymorfismiksi DNA-viivakoodisekvenssissä. Laajaa lajinsisäistä DNA-viivakoodimuuntelua on havaittu useissa tutkimuksissa sekä perhosissa että muissa eliöryhmissä. Laaja lajinsisäinen DNA-viivakoodimuuntelu voi johtua kryptisestä diversiteetistä. Kryptistä diversiteettiä on jo aikaisempien tutkimusten yhteydessä paljastettu muun muassa useilta perhoslajeilta. Laaja lajinsisäinen DNA-viivakoodimuuntelu voi johtua myös Wolbachia-bakteerista tai mtDNA:n introgressiosta. Yhtenä tämän tutkimuksen tavoitteista oli selvittää kuinka yleistä laaja lajinsisäinen DNA-viivakoodimuuntelu on pohjoiseurooppalaisilla perhoslajeilla. Tutkimuksen keskeisin tavoite oli kuitenkin selvittää kuinka usein laaja lajinsisäinen DNA-viivakoodimuuntelu johtuu kryptisestä diversiteetistä. Lisäksi tavoitteena oli selvittää introgression sekä Wolbachia-bakteerin merkitystä laajan lajinsisäisen DNA-viivakoodimuuntelun taustalla. Merkkejä kryptisestä diversiteetistä, introgressiosta ja Wolbachia-infektiosta tutkittiin 29 perhoslajilta useiden nukleaaristen markkerien avulla. Aineistoon kuului yhteensä 170 yksilöä. Tutkimuksessa paljastettiin neljä selvää tapausta kryptisestä diversiteetistä. Lisäksi tutkimuksessa paljastui ainakin viisi mahdollista kryptistä lajiparia. Tämän tutkimuksen perusteella voidaan sanoa, että uusia lajeja voidaan löytää edelleen myös perusteellisesti tutkituista eliöryhmistä esimerkiksi DNA-viivakoodimuuntelun avulla. Tutkimuksen tulosten perusteella voidaan myös olettaa, että Wolbachia on hyvin laajalle levinnyt perhosissa. Sen rooli laajan DNA-viivakoodimuuntelun taustalla, yhdessä introgression kanssa, on luultavasti hyvin merkittävä ja tarjoaa selityksen monelle laajaa lajinsisäistä DNA-viivakoodimuuntelua sisältävälle tapaukselle.
see all

Subjects:
Copyright information: © Jonna Autto, 2018. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for your own personal use. Commercial use is prohibited.