JultikaUniversity of Oulu repository

Tiivistelmä

LTR-retrotransposonit (long terminal repeat retrotransposons) kuuluvat transposoituvien elementtien luokkaan I. LTR-retrotransposonit siirtyvät genomissa paikasta toiseen RNA-välivaiheen kautta. Siirtymisellä voi olla useita vaikutuksia genomin toimintaan. LTR-retrotransposoneiden aktiivisuus voikin johtaa esimerkiksi geenien hiljenemiseen. Mahdollisesti haitallisten vaikutuksien vuoksi transposoituvien elementtien aktiivisuutta vastaan on kehittynyt epigeneettisiä menetelmiä, jotka hillitsevät transposoituvien elementtien aktiivisuutta. Kaikkia transposoituvia elementtejä ei kuitenkaan hiljennetä ja joskus ne voivat olla isännälleen myös hyödyllisiä. Kasvien genomeista merkittävä osa koostuu transposoituvista elementeistä. Suurin transposoituvien elementtien ryhmä kasveilla on LTR-retrotransposonit. Myös männyillä (Pinus) on todettu esiintyvän runsaasti LTR-retrotransposoneita.

LTR-retrotransposoneita voidaan löytää DNA-sekvensseistä käyttäen eri ohjelmistoja. Ohjelmistojen toiminta perustuu mallinnukseen LTR-retrotransposonin rakenteesta. Eri ohjelmistojen avulla pystytään myös luokittelemaan löydetyt LTR-retrotransposonit tarkemmin superperheisiin ja perheisiin.

Työ perustuu aiemmin maissille luotuun menetelmään, jolla saadaan etsittyä LTR-retrotransposoneita. Työn tarkoituksena oli ottaa selville, voidaanko alun perin maissille suunniteltua LTR-retrotransposoneiden hakumenetelmää käyttää myös havupuille. Työssä aineistona on käytetty sekä männyistä saatua genomisekvenssiaineistoa sekä transkriptien ekspressioaineistoa.

Mäntyjen genomiaineistosta on etsitty LTR-retrotransposonit bioinformaattisia menetelmiä käyttäen. Aluksi on etsitty missä LTR-retrotransposonit sijaitsevat, sitten niiden sisäisiä ominaisuuksia on annotoitu sekä yritetty löytää tarkempi annotaatio elementeille jo olemassa olevasta tietokannasta. Jos tietokannasta ei löytynyt annotaatiota, on annotaatio tehty käyttämällä hyödyksi klusterointimenetelmiä sekä useita eri ohjelmistoja.

Lisäksi LTR-retrotransposonit on etsitty männyn transkriptien ekspressioaineistosta. Perustuen aiemmin julkaistuun ekspressiotutkimukseen männyllä, on otettu selville missä solukoissa löytyneet LTR-retrotransposonit ovat olleet ylössäädeltyjä sekä millainen niiden ekspressiotaso eri solukoissa on ollut.